В первом сезоне Темной материи зрители погружаются в захватывающую историю Джейсона Дессена, физика из Чикаго, который оказывается втянутым в водоворот событий, переворачивающих его представление о реальности. Всё начинается с того, что Джейсон, возвращаясь домой после встречи с коллегами, становится жертвой жестокого похищения. Придя в себя, он обнаруживает, что находится в альтернативной версии своей жизни, где его карьера пошла по совершенно иному пути, а его жена Даниэла и сын Чарли существуют только в его воспоминаниях. Эта версия мира оказывается созданной его же двойником из параллельной реальности, который, воспользовавшись изобретением Джейсона — устройством, позволяющим перемещаться между разными версиями себя, — захватил его место. Теперь Джейсону предстоит не только выжить в незнакомой реальности, но и найти способ вернуться домой, сталкиваясь с бесчисленными версиями себя в разных мирах, каждый из которых имеет свои уникальные обстоятельства, трагедии и возможности.
Сезон развивается как навязчивый триллер, сплетающий воедино темы выбора, судьбы и идентичности. Джейсон, гонимый любовью к семье, пробивается через множество реальностей, каждая из которых предлагает ему искушение остаться, исправить ошибки прошлого или обрести власть. В этом путешествии он встречает других версий себя — от успешных и богатых до сломленных и опасных. Эти встречи заставляют его переосмыслить свои ценности и понять, что его истинное "я" неразрывно связано с его близкими. Параллельно мы следим за Даниэлой и Чарли в исходной реальности, которые борются с последствиями исчезновения Джейсона, пытаясь разобраться в странных происшествиях, начинающихся вокруг их дома. Постепенно они тоже втягиваются в игру с параллельными мирами, и их поиски пересекаются с поисками Джейсона. Финал сезона достигает кульминации, когда Джейсон сталкивается с создателем этой безумной мультивселенной, которая оказывается его собственным созданием, вышедшим из-под контроля. Он вынужден сделать трудный выбор между возвращением в реальность, где его никто не ждёт, и борьбой за то, чтобы заново завоевать любовь и жизнь, которые он потерял по собственной вине.
